Патрис Дезиле, художественный руководитель проекта, сообщил, что по сюжету игры Assassin's Creed 3 главный протагонист Дезмонд Майлз будет разыскивать храмы, построенные на Земле предыдущей цивилизацией, пытаясь предотвратить конец света в 2012 году.

Assassin's Creed 3, как финальная часть трилогии, должна завершать рассказ о приключениях Дезмонда. Действие в исторический период игры переносится в Америку времен войны за независимость и охватит период с 1753 по 1783 годы, где главным героем станет индеец-полукровка Коннор Кенуэй, чьё родное имя Радунхагейду. По игре родную деревню Коннора уничтожат Красные мундиры. Но он не будет мстителем, как Эцио. Он станет бороться за свободу и справедливость. Кредо убийцы 3